Милетской школы имеет сильную мистическую окраску. Поздние греки называли философов Милетской школы «гилозоистами», или «признающими материю живой», поскольку последние не видели различий между одушевленным и неодушевленным, между материей и духом. Они даже не употребляли особого слова для обозначения понятия «материя», воспринимая все формы существования как проявления «физиса», наделенные жизнью и духовностью. Так, Фалес заявлял, что все вещи наполнены божествами, а Анаксимандр рассматривал Вселенную как некий организм, наделенный, подобно человеческому организму, дышащему воздухом, космическим дыханием — «пневмой».
Монистические и органические взгляды философов Милетской школы были очень близки ко взглядам древних индийских и китайских философов, а в философии Гераклита из Эфеса подобные параллели еще более очевидны. Гераклит верил в постоянно изменяющийся мир, в вечное становление. Для него иллюзорным было все неподвижное сущее; первовеществом природы, согласно его утверждению, является огонь — символ непрерывной изменчивости и текучести всех вещей. Гераклит учил, что все изменения в мире происходят в результате активных циклических взаимодействий различных пар противоположностей, и рассматривал каждую такую пару как единое целое. Единство, содержащее противоположности, но стоящее над ними, он называл логосом.
Разрыв этого единства впервые произошел в школе элеатов, которые признавали существование некоего Божественного Принципа, стоящего над всеми богами и людьми. Этот Принцип первоначально отождествлялся с единством Вселенной, а потом — с разумным персонифицированным Божеством, стоящим над миром и управляющим последним. Так возникло то направление в философии, которое, в конце концов, отделило материю от духа и породило дуализм, столь характерный для западной философии. Решительный шаг в этом направлении сделал Парменид из Элеи, взгляды которого были абсолютно противоположны взглядам Гераклита. Он называл свой основной принцип — Бытие, и считал, что он уникален и неизменяем. Он был уверен в том, что изменения невозможны, и относил видимые изменения за счет иллюзорности наших чувств. Эта философия породила понятие неразрешимого вещества — носителя изменяющихся свойств, ставшее одним из основных понятий западной философии.
В пятом веке до н. э. греческие мыслители попытались примирить теории Парменида и Гераклита. Для того, чтобы сгладить различия между идеями неизменяемого Бытия (Парменид) и вечного становления (Гераклит), они выдвинули тезис о том, что Бытие проявляется в определенных неизменных субстанциях, которые, соединяясь и расходясь, порождают все изменения в этом мире. Это привело к возникновению понятия атома, описанного в трудах Левкиппа и Демокрита,-мельчайшей неделимой единицы материи. Греческие атомисты провели четкую разграничительную линию между духом и материей, считая, что материя состоит из некоторого количества «основополагающих строительных кирпичиков» — абсолютно пассивных и, по сути своей, неживых частиц, движущихся в пустоте. Причина их движения не объяснялась, но обычно ассоциировалась со внешними силами, которые, как считалось, носили идеальный, или духовный, характер, не имея ничего общего с материей.
По мере того, как укоренялась идея о разделении духа и материи, философы стали все больше интересоваться скорее духовным, чем материальным миром, человеческой душой и проблемами этики. Эти вопросы занимали западных мыслителей более двух тысяч лет с начала расцвета греческой науки и культуры в пятом-шестом